応用生命科学・情報生命学【220009】


Basic course information

Course type 基礎 Credits 1
Elective/Compulsory 選択必修 Course format 講義
Course start 6月29日-7月27日 Room L12会議室

Course outline

Supervising lecturer 作村 諭一
Lecturer 大島 拓、加藤 有己(大阪大学)、小野 直亮、作村 諭一
Course objectives 情報科学と生命科学の融合領域である情報生命科学の基本的な手法を理解することを目的とする。
Bioinformatics is an interdisciplinary research area between infomatin science and bioscience. The aim of this course is to understand basic methodology of bioinformatics.
Course methodology 具体的事例を用いてわかりやすい講義をおこなう。
This course will provide intelligible lectures using paticular cases.

Course plan

Comments Number Topic Content
1 全ゲノム解析概説(小野)
Whole genome analysis (Ono)
次世代シーケンサーを使った全ゲノム配列解析の方法と応用について解説する。
Introduction about methods and applications of whole genome analysis using next generation sequencers.
2 代謝シミュレーション概説(小野)
Computer simulation of the metabolic dynamics (Ono)
ゲノムスケール代謝モデルなど、細胞内の代謝ダイナミクスのモデル化とシミュレーションについて解説する。 Introduction about the modeling and simulation of the metabolic dynamics in various organisms.
3 配列解析入門(加藤)
Introduction to sequence analysis (Kato)
バイオインフォマティクスについて概観した後、配列解析の基本技術である アラインメントについて解説する。
We study the overview of bioinformatics, followed by basic alignment techniques.
4 RNA配列情報解析(加藤)
RNA sequence analysis (Kato)
機能が未知なものが多いRNAの配列解析を対象とし、近年盛んに行われている トランスクリプトームの1次配列情報解析からRNAの2次構造予測法までを解説 する。
We focus on RNA sequence analysis ranging from transcriptome sequence analysis to RNA secondary structure prediction.
5 ゲノム解析の基礎(大島)
Basic genome analyses (Oshima)
ゲノム配列決定手法とトランスクリプトーム解析の基本的な概念を解説する。 An introduction of genome sequencing and transcriptome analysis
6 機能ゲノム解析(大島)
Functional genome analyses (Oshima)
ゲノム解析手法を用いた分子メカニズムの解析手法について具体例を解説する。 Examples of functional genome analysis 
7 (作村)
(Sakumura)
8 (作村)
(Sakumura)

Textbook/Reference book

Textbook
Reference book 阿久津達也「バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム」共立出版 藤博幸[編] 「はじめてのバイオインフォマティクス」 講談社サイエンティフィク David W. Mount (岡崎康司、坊農秀雄 監訳) 「バイオインフォマティクス -ゲノム配列から機能解析へ - 第2版」メディカル・サイエンス・インターナショナル David W. Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory. Durbin,R. et al. Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press. 北野宏明「システムバイオロジー」秀潤社

Other information

Eligibility for this course 2/3以上の回の出席を条件とする。
Students are required to attend a minimum of 2/3 of classes.
Consultation times
Grades/Evaluation レポートおよび講義中に適宜行う小テストにより評価する。
The grade will be decided based on the report for each class and mini-exam in each class.
Related courses
Important information 日本語で行われます。
This will be taught in Japanese.