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2019年度 システムズバイオロジ (4024)

授業科目基本情報

科目区分 専門科目 教職科目 情報
単位数 1 選択・必修・自由 選択
授業形態 講義 主な使用言語 英語
開講時期 履修登録システム 使用する
履修登録期間 2019/09/27~2019/10/24 履修取消期限 2019/10/24

教育プログラム別の履修区分

プログラム名 IS CB BS BN MS CP DS
履修区分
コア科目 C C
履修方法 ・基盤科目及び専門科目から12単位以上履修すること。
・コア科目の履修方法については、入学年次の教育課程表の(2)履修方法を参照すること。

授業科目概要

担当責任教員 金谷 重彦
担当教員 金谷重彦、MD.Altaf-Ul-Amin
教育目的/授業目標 バイオインフォマティクスは、ゲノムの情報解析からはじまり、ゲノム全体の遺伝子の発現解析(Transcriptomics)、タンパク質の機能解析(Proteomics)、さらには代謝物解析(Metabolomics)へと発展した。これらの大量情報としての分子生物学としてBig Data Biologyという分野が急速に発展し、ヒトの医薬情報さらには健康情報を分子メカニズムで解明が進んでいる。そこで、本講義では、これらのオミクス研究ならびにヒトと有用生物の相互作用間の相互作用についての研究の進展について情報科学と分子生物学の両方向から紹介する。
指導方針 データ駆動型科学としとのシステムズ・バイオロジーを情報科学とオミクス科学から理解を深める。そのためにグループワークにおけるプレゼンテーションを通して、より具体的に理解する。

クラス情報



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授業計画

[1限目 9:20-10:50] [2限目 11:00-12:30] [3限目 13:30-15:00] [4限目 15:10-16:40] [5限目 16:50-18:20] [6限目 18:30-20:00]
回数 日付 [時間] テーマ 内容
1 10/8 [2] システムズ・バイオロジーとは1 (金谷担当) ゲノムの塩基配列を決定する技術の進歩により、バクテリアから直物、動物、ヒトに至る様々な生物のゲノム解析が、世界的に猛烈な勢いで進んでいる。そこで、分子生物学ならびに情報科学により、生物の生存戦略を含めたシステムズ・バイオロジーの展開を第1回目ならびに2回目に概説する。
2 10/18 [2] システムズ・バイオロジーとは2: ネットワークバイオロジーの視点から解説する (Md.Altaf-Ul Amin担当) (1回目のつづき)
3 10/29 [2] データ駆動型科学としてのシステムズ・バイオロジー 1(金谷担当) データ駆動型科学での最重要課題は、エコロジーとヘルスケアである。この課題は、システムズバイオロジーにおいても最重要課題である。そこで、ヒトの食糧確保の問題を含めた、エコロジーとヘルスケアをいかにシステムズバイオロジーにより展開されているかについて第3-6の講義で紹介する。また、Rプログラミング言語を用いた実際の解析例についても紹介する。
4 11/5 [2] データ駆動型科学としてのシステムズ・バイオロジー 2:Data-intesive Sicence 2:Proteomics(Md.Altaf-Ul-Amin担当) Protein Function prediction using network concepts. Finding protein complex and PPI networks.
5 11/12 [2] データ駆動型科学としてのシステムズ・バイオロジー 3:バイオデータベースとその活用(金谷担当) バイオデータベースの活用について講義する。
6 11/19 [2] データ駆動型科学としてのシステムズ・バイオロジー 4: Metabolic pathways and Networks (Md.Altaf-Ul-Amin担当) Metabolic pathways and Networks
7 11/26 [2] Problem Based Learning 1 (金谷担当) 受講者におけるグループによりシステムズ・バイオロジーに関わる具体的課題を設定しデータ解析を行った結果をプレゼンテーションを通して発表する。
8 12/3 [2] Problem Based Learning 2 (Md.Altaf-Ul-Amin担当) 受講者におけるグループによりシステムズ・バイオロジーに関わる具体的課題を設定しデータ解析を行った結果をプレゼンテーションを通して発表する。

授業日程

[1限目 9:20-10:50] [2限目 11:00-12:30] [3限目 13:30-15:00] [4限目 15:10-16:40] [5限目 16:50-18:20] [6限目 18:30-20:00]
回数 日付 時間 講義室 備考
1 10/8 2 L2
2 10/18 2 L2
3 10/29 2 L2
4 11/5 2 L2
5 11/12 2 L2
6 11/19 2 L2
7 11/26 2 L2
8 12/3 2 L2

テキスト・参考書

テキスト 特になし
参考書 特になし

その他

履修条件 特になし
オフィスアワー Eメールで連絡の上、日時を決める
成績評価の方法と基準 ・5段階(秀・優・良・可・不可)で評価する。
・参加度(50%)とプレゼンテーション(50%)で評価する。
関連科目 特になし
関連学位 理学、バイオサイエンス
注意事項 特になし

授業関連URL



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配布資料



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